Bioinformatik

Quelle: Wikipedia. Seiten: 88. Kapitel: Genom, DNA-Sequenzanalyse, BLAST-Algorithmus, Proteomik, DNA barcoding, Systembiologie, Needleman-Wunsch-Algorithmus, TRANSFAC, Sequenzalignment, Hirschberg-Algorithmus, BALL, Microarray, Rosetta@home, Phylogenetischer Baum, Celera Assembler, CpG-Insel, Zuker-Algorithmus, Neighbor-Joining-Algorithmus, FASTA-Format, Substitutionsmatrix, Metagenomik, PyMOL, Biobank, Smith-Waterman-Algorithmus, Humangenomprojekt, Nussinov-Algorithmus, Biozentrum der Universität Basel, Proteinstruktur, Studium Bioinformatik, BLOSUM, SOSUI, Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung, Gotoh-Algorithmus, Entrez Gene, GFP-cDNA, Bioinformatik-Harvester, The Genographic Project, Clustal, ENCODE, In silico, Annotation, T-Coffee, IHOP, SIMAP, Medizinische Datenbank, Biosimulation, Ensembl, RasMol, Quantitative Struktur-Wirkungs-Beziehung, Systems Biology Markup Language, 1000-Genome-Projekt, Forward-Algorithmus, PSORT, Interaktom, Online Mendelian Inheritance in Man, Jmol, Point Accepted Mutation Matrix, Fachkraft für Bioinformatik, POEM@home, European Nucleotide Archive, National Center for Biotechnology Information, Gene Ontology, Sankoff-Algorithmus, Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, Pattern Matching, Foundational Model of Anatomy, PubChem, Sequenzdatenbank, Dotplot, Double Digest Problem, Scatchard-Diagramm, Ramachandran-Plot, Pfam, Mascot, CASP, Tanpaku, Nexus, GenBank, HomoloGene, Bidirectional Best Hits, Sequenzmotiv, Vector NTI, Konsensussequenz, TOXicology Data NETwork, Predictor@home, Systems Biology Ontology, Felsenstein 81, Human Genome Organisation, Jukes & Cantor, MapMan, National Institute of Genetics, ChemIDplus, MOWSE, Metabase, GoPubMed, PubMed Central, Genvorhersage, DrugBank, Mouse Genome Informatics, MeshPubMed, EMBOSS, PSAM, FASTA-Algorithmus, Protein Information Resource, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, ALFRED, TT-100, Glykomik, Gap, European Bioinformatics Institute, Internationale Nukleotidsequenz-Datenbank-Zusammenarbeit, ERNA-3D, Orphanet, Contig, Ähnlichkeitsmatrix, Shortest Common Superstring. Auszug: DNA Barcoding ist eine taxonomische Methode zur Artenbestimmung anhand der DNA-Sequenz eines Markergens. Die Abfolge der Basenpaare wird dabei analog wie der Strichcode auf Lebensmittel-Verpackungen als Kennzeichen für eine bestimmte Art verwendet. Der Name Barcoding (bar: engl.: Balken) entstammt dieser Analogie. Da sich die DNA-Sequenz mit einer im großen und ganzen gleichmäßigen Rate durch Punktmutationen verändert (vg.: Molekulare Uhr), besitzen näher verwandte Individuen (und Arten) ähnlichere Sequenzen. Solange eine Art ungeteilt bleibt, d.h. einen gemeinsamen Genpool besitzt, werden Unterschiede zwischen verschiedenen Populationen durch Genfluss immer wieder ausgeglichen. Mit der Separation bei der Artbildung entwickeln sich die Sequenzen mit annähernd konstanter Rate auseinander. Besitzen also Proben aus zwei Individuen deutlich unterschiedliche Sequenzen, ist dies ein Zeichen, dass sie aus verschiedenen Arten stammen. Beim DNA-Barcoding geht es nicht um die proteincodierende Eigenschaft der DNA. Da kodierende Sequenzen der Selektion unterliegen, steht ihre Verwendung sogar unter Vorbehalten. Sie ist dennoch möglich, weil der genetische Code in der dritten Position des Basentripletts zu großen Teilen redundant ist ("degenerierter Code"). Dadurch unterliegt die Sequenz hier kaum der Wirkung der Selektion und kann als neutraler Marker verwendet werden. Für die Dete...