Modellazione omologica insilico della proteina di rivestimento del Papaya ring spot virus

In questo studio, la sequenza della proteina di rivestimento è stata analizzata e modellata per esplorare le proprietà e la struttura del Papaya leaf curl virus, del Papaya Mosaic virus e del Papaya ring spot virus-P & W. Poiché non sono disponibili informazioni strutturali per la maggior parte delle sequenze proteiche disponibili nella Protein Data Bank, negli ultimi anni i metodi computazionali per la previsione della struttura delle proteine hanno suscitato grande interesse. Sono state calcolate le proprietà fisico-chimiche della proteina in esame. Per tutti e quattro i ceppi di Papaya virus sono stati rilevati il valore medio di idropatia (GRAVY), il pI, il coefficiente di estinzione, l'indice alifatico e l'indice di instabilità. Questo supporta la proteina ad avere una migliore interazione con l'acqua. La modellazione dell'omologia è stata eseguita con PHYRE2, ModWebe Swiss Model tool. Il modello è stato convalidato utilizzando il software PROSESS, che ha fornito un diagramma di Ramachandran per il ceppo del Papaya virus. Lo studio può aiutare a comprendere la funzione della proteina, il numero e i tipi di epitopi, le porzioni immunogene e l'idoneità alla produzione di anticorpi, agli studi tassonomici, agli studi di valutazione e alla diagnostica del virus.