Podhod NGS dlq obnaruzheniq wariantow u gigantskoj presnowodnoj krewetki

Sredi kul'tiwiruemyh rakoobraznyh gigantskaq presnowodnaq krewetka Macrobrachium rosenbergii do nedawnego wremeni byla odnim iz osnownyh widow s wysokoj kommercheskoj cennost'ü. V poslednee wremq on poterql populqrnost' iz-za boleznej i differencirowannogo rosta samcow w silu social'noj ierarhii. Jetot wid mozhet wernut' swoj prezhnij predpochtitel'nyj status, esli geneticheski uluchshit' ego rost i ustojchiwost' k boleznqm. Selekcionnaq selekciq znachitel'no oblegchaetsq blagodarq selekcii s pomosch'ü markerow (MAS). Odnonukleotidnye polimorfizmy (SNPs) obespechiwaüt samoe wysokoe razreshenie, wozmozhnoe dlq markernoj karty (izmenenie odnogo nukleotida), qwlqütsq ko-dominantnymi, bi-allel'nymi i obychno mnogochislennymi w populqciqh s nizkim urownem mutacij. Sekwenirowanie DNK s pomosch'ü platform NGS schitaetsq naibolee äkonomicheski äffektiwnym podhodom. V dannom issledowanii poisk SNP prowodilsq w transkribirowannyh posledowatel'nostqh M. rosenbergii, dostupnyh w GenBank, NCBI. Dikie äkzemplqry byli sobrany iz razlichnyh wodoemow. Byli razrabotany prajmery dlq amplifikacii kodiruüschih (CDS) i prowedeno sekwenirowanie amplikonow na platformah GS-FLX 454 i Ion torrent. V raznyh populqciqh bylo obnaruzheno 173 SNP. Takoj podhod dlq poiska SNP w predstawlennyh posledowatel'nostqh byl ispol'zowan nami wperwye.